EMDR-terapeutiksi kouluttaudutaan käymällä peruskoulutus, joka koostuu kahdesta osasta ja niihin tiiviisti kytkeytyvistä työnohjauksista.  Molemmat osat, EMDR I ja EMDR II, kestävät kolme päivää. Peruskoulutus noudattaa EMDR Europen ja EMDR-instituutin (USA) hyväksymiä ohjeita. Suomessa EMDR peruskoulutuksia järjestävät EMDR- Europen sertifioimat kouluttajat Markus Heinimaa ja Tuija Turunen.

Peruskurssien luento-osuuksissa käydään läpi EMDR-terapian taustaa, tutkimuksia, asiakasvalintaa ja hoidon ajoitusta, EMDR-hoidon rakennetta ja sitä, miten hoito käytännössä toteutetaan.  Luentojen lisäksi esitellään esimerkkejä ja videota EMDR- terapian toteuttamisesta. Lisäksi koulutuksissa harjoitellaan EMDR- terapian tekemistä pienryhmissä fasilitaattorin, eli työnohjaajan ohjaamana. Pienryhmissä osallistujat vuorottelevat asiakkaan, terapeutin ja tarkkailijan rooleissa. Kurssille osallistuvan tulee olla valmis käsittelemään omia kokemuksiaan osana harjoittelua.

Peruskurssin ensimmäinen osa, EMDR I antaa perustiedot ja -taidot EMDR-työskentelyn aloittamiseen sellaisilla asiakkailla, joilla on riittävä psyykkinen tasapaino ja hyvät tunnesäätelytaidot. Peruskurssin toinen osa, EMDR II, syventää ykköstasolla opittua ja keskittyy työskentelyyn monimutkaisemman psyykkisen traumatisoitumisen sekä tiettyjen erityisryhmien kanssa.

EMDR-terapeutiksi valmistuakseen opiskelijan on osallistuttava työnohjaukseen. EMDR-työnohjausta voivat antaa vain eurooppalaisen EMDR sertifikaatin saaneet EMDR-terapeutit tai työnohjaajakoulutuksessa olevat EMDR-terapeutit. Ajantasainen luettelo työnohjaajista löytyy erillisestä luettelosta.

EMDR I-tason koulutuksen jälkeen opiskelijan tulee saada vähintään viisi tuntia EMDR-työnohjausta EMDR Europen sertifioiman työnohjaajan ohjauksessa. Suositeltavaa on, että EMDR-terapeuttiopiskeija toteuttanut noin 20 EMDR terapiasessiota ennen II-tason koulutukseen hakeutumista.  EMDR II-tason koulutuksen jälkeen vaaditaan vähintään viisi työnohjaustuntia ennen kuin työnohjaaja voi antaa todistuksen riittävien taitojen hallinnasta. Hyväksyttyjen työnohjausten jälkeen II-tason koulutuksen järjestäjä antaa todistuksen EMDR-peruskurssin suorittamisesta. Tämä todistus oikeuttaa toimimaan EMDR-terapeuttina Suomessa. Vuoden 2027 alusta lähtien työnohjausta vaaditaan kahdeksan tuntia I-kurssin jälkeen ja kahdeksan tuntia II-kurssin jälkeen.

EMDR- terapian perustason koulutukseen voivat osallistua psykiatrit, psykologit sekä Valviran hyväksymän terapiakoulutuksen käyneet psykoterapeutit. Myös psykiatriset sairaanhoitajat, joilla on pitkä kokemus psykiatrian yksiköissä työskentelystä, voivat osallistua koulutukseen. Koulutettavan on pystyttävä riittävästi arvioimaan mahdollisen EMDR-asiakkaan psyykkistä tilaa ennen EMDR-menetelmän käyttöönottoa.

EMDR-koulutusten opintopisteytys

Yhdistyksen hallitus on hyväksynyt seuraavat laskennallisesti kansallisia suosituksia noudattavat opintopistemäärät EMDR-kouluttautumisen eri tasojen kohdalla:

1. EMDR Europen hyväksymän EMDR-peruskurssin suorittaneet (I-taso ja II-taso sekä tarvittavat työnohjaukset suoritettuna) 4,5 opintopistettä.
2. EMDR Europen hyväksymän EMDR-practitioneer sertifikaation suorittaneet kahdeksan (8) opintopistettä (sisältää 1:n).
3. EMDR Europen hyväksymän Lapset ja Nuoret peruskoulutuksen suorittaneet (EMDR lapset ja nuoret 1-taso ja 2-taso sekä vaadittavat työnohjaukset) kolme (3) opintopistettä.